低位肛瘺有可能會復發的，比如大便經常的不成形，經常的腹瀉等，一般低位肛瘺的誘發因素有平時不注意肛門局部清潔衛生，飲食不節、飲酒等方面，地位肛瘺通常可通過手術進行治療比如瘺管切開術，肛瘺切除術等。
如果大便經常的不成形，經常的腹瀉，可能會導致肛瘺的復發，瘺管位于肛門括約肌深部以下的肛瘺叫低位肛瘺。肛瘺是肛管或直腸與會陰皮膚相通的慢性感染性管道，其內口多位于齒狀線附近，少數位于直腸，外口多位于肛周皮膚，少數位于臀部，極少數位于其他部位。低位肛瘺可分為低位單純性肛瘺和低位復雜性肛瘺。
不注意肛門局部清潔衛生，如肛竇炎、肛腺分泌旺盛、肛腺感染，飲食不節、飲酒，或者喜好進食辛辣刺激性食物。便秘、排便時間過久，腸道菌群失調。特殊感染，如結核桿菌感染等。
手術治療，瘺管切開術用于治療低位單純性肛瘺和低位復雜性肛瘺。自外口探入探針，內口穿出，切開瘺管上方的組織，包括瘺管壁外的皮膚、皮下組織、纖維性管壁和外括約肌皮下部，切開后用刮匙清除管道內肉芽組織；肛瘺切除術，用于治療低位單純性肛瘺，自外口探入探針，內口穿出，切除瘺管以及瘺管周圍瘢痕組織。先沿外口作環形切開，距外口邊緣的半徑約0.5cm。切開皮膚和皮下組織后，緊貼瘺管的條索樣管道向內口方向將其剔出。
建議低位肛瘺患者應保持肛門局部的衛生清潔，養成便后或者睡前溫水坐浴的好習慣。每天堅持適量的運動，特別是對于由于工作需要久坐的人，增強免疫力。
