自閉癥可以由心理因素導致，心理認知缺陷會損害孤獨癥患者對其他人精神狀態的理解能力，從而導致患者社會交往能力的缺乏，經常誤解別人的行為。
小兒自閉癥還有多種病因，研究表明，孤獨癥一般與某些疾病同時存在，比如結節性硬化和肌營養不良以及先天性風疹等等，所以有人認為孤獨癥本質上是一個多種病因的神經綜合征。
治療原則與用藥治療：小兒自閉癥要綜合治療，最重要的步驟就是行為治療和教育，這兩者都是為了通過對患者進行正常行為的教育，達到矯正其社會性行為的目的，糾正患者們的異常行為，幫助消除他們的睡眠障礙，改善他們亂發脾氣以及好動等等繼發性癥狀。藥物治療不具有普遍性，只對個別癥狀有微小作用，比如如果是短期嚴重失眠，可以用安定，可用奮乃靜治療攻擊性患者，用腦復新來促進腦功能改善，用利他林來治療孤獨和語言障礙。
注意事項：小兒自閉癥是可以治好的，這一點毋庸置疑。有實驗實例證明，如果治療方法得當，小兒自閉患者的病情會得到有效控制并且好轉。良好的治療方法除了一些正常的交流治療之外，還包括社會技能發展以及感官損害治療等。專家們認為，通常情況下病情越重治療效果越好，并且倡導一對一治療。自閉癥的治療不僅需家長醫生的幫助，而且需要整個社會的支持。
