宮頸癌疫苗的副作用有局部容易出現紅、腫、熱、痛，部分女性注射后會出現頭暈、惡心、嘔吐等癥狀，有的女性注射宮頸癌疫苗后出現頭暈目眩、肌肉無力、肌肉麻痹等情況，最嚴重的是出現過敏性休克等。
接種部位出現紅、腫、熱、痛多是由于疫苗接種過程中，無菌操作不嚴格，導致局部組織出現輕微的感染現象而引起，一般持續兩到三天會自行消失；出現頭暈、惡心、嘔吐一般是宮頸癌疫苗刺激胃腸道導致的胃腸道功能紊亂，持續三到五天癥狀一般會自行消失；出現頭暈目眩、肌肉無力、肌肉麻痹可能是由于精神壓力和外力擠壓等，如果長時間得不到減輕應及時前往醫院檢查；而宮頸癌疫苗最嚴重的副作用是過敏性休克，患者會出現氣管的痙攣發生呼吸困難，這是因為宮頸癌疫苗是一種特殊的蛋白質，如果患者體質特殊，對其過敏會導致體內釋放大量的組胺，使支氣管黏液分泌增加，因此患者在注射宮頸癌疫苗之后，需要在注射單位觀察半小時再離開。
注射宮頸癌疫苗時建議避開月經期及排卵期等特殊的生理期，以免加重不適癥狀，接種宮頸癌疫苗后3天內不能洗澡，以免接種部位接觸水分，從而加重局部不適癥狀。宮頸癌疫苗屬于新研制出來的疫苗，雖然存在副作用，但是總體來說對女性宮頸癌的預防是比較有利的。
