兒童抑郁癥治療講究全病程治療原則。它分為急性期治療、鞏固期治療和維持期治療。急性期治療一般8-12周，是為了盡快達到臨床治愈與促進功能恢復，達到病前功能水平，提高患者生活質量。鞏固期治療一般4-9個月，在這個期間病情不穩定，復燃性比較大，主要以強調治療方案，藥物劑量，使用方法，保持急性期不變的這樣一個特點。對于維持期治療目前的研究時間并不充分，一般傾向于至少2-3年，多次復發的也就是三次及以上以及有明顯殘留癥狀的，主張長期服藥治療。
對于兒童抑郁癥的治療在臨床上，它與一般的常規治療原則并不完全一致。目前臨床實踐當中，堅持抗抑郁藥和心理治療并重的原則。心理治療適合不同嚴重程度的兒童青少年抑郁癥的患者，它主要有助于改變認知，完善人格，增強應對困難和挫折的能力，最終達到改善抑郁癥狀，減少功能損害作用。對于輕癥抑郁癥患者，如果說6-12周心理治療抑郁癥狀無改善，常常提示需要合并抗抑郁藥物治療，而目前還沒有一種抗抑郁藥對兒童青少年是絕對安全的。但是目前臨床上以5羥色胺攝取抑制劑作為兒童青少年抑郁障礙或抑郁癥治療的首選藥物，如氟西汀，舍曲林，艾司西酞普蘭作為一線用藥，用藥過程中小劑量開始緩慢加至有效劑量，足量足療程系統治療。因此兒童抑郁癥的治療，根據不同階段，根據兒童個性化的特征，其治愈時間仍然有不同。
