去除HE發作的誘因、保護肝臟功能免受進一步損傷、治療氨中毒及調節神經遞質是治療HE的主要措施。
及早識別及去除HE發作的誘因
慎用鎮靜藥及損傷肝功能的藥物 鎮靜、催眠、鎮痛藥及麻醉劑可誘發肝性腦病，在肝硬化特別是有嚴重肝功能減退時應盡量避免使用。當患者發生肝性腦病出現煩躁、抽搐時禁用鴉片類、巴比妥類、苯二氮?類鎮靜劑，可使用異丙嗪、氯苯那敏（撲爾敏）等抗組胺藥。
糾正電解質和酸堿平衡紊亂 低鉀性堿中毒是肝硬化患者在進食量減少、利尿過度及大量排放腹水后的內環境紊亂，是誘發或加重肝性腦病的常見原因之一。因此，應重視患者的營養支持，利尿藥的劑量不宜過大，大量排放腹水時應靜脈輸入足量的白蛋白以維持有效血容量和防止電解質紊亂。HE患者應經常檢測血清電解質、血氣分析等，及時糾正低血鉀或堿中毒等。缺鉀者補充氯化鉀；堿中毒者可用精氨酸溶液靜脈滴注。每日入液總量以不超過2500ml為宜。肝硬化腹水患者的入液量應加控制（一般約為尿量加1000m1），以免血液稀釋、血鈉過低而加重昏迷。
止血和清除腸道積血 上消化道出血是肝性腦病的重要誘因之一。止血措施參見上消化道出血章節。清除腸道積血可采取以下措施：乳果糖、乳梨醇或25％硫酸鎂口服或鼻飼導瀉，生理鹽水或弱酸液（如稀醋酸溶液）清潔灌腸。
預防和控制感染 失代償期肝硬化患者容易合并感染，特別是對肝硬化大量腹水或合并曲張靜脈出血者應高度警惕，必要時予抗生素預防性治療。一旦發現感染應積極控制感染，選用對肝損害小的廣譜抗生素靜脈給藥。
其他，注意防治便秘。門體分流對蛋白不耐受者應避免大量蛋白質飲食。警惕低血糖并及時糾正。
減少腸內氮源性毒物的生成與吸收
限制蛋白質飲食 起病數日內禁食蛋白質（I～Ⅱ期肝性腦病可限制在20g/d以內），神志清楚后從蛋白質20g/d開始逐漸增加至1g/（kg·d）。植物蛋白較好，因其含支鏈氨基酸較多，且所含非吸收性纖維被腸菌酵解產酸有利氨的排出。限制蛋白質飲食的同時應盡量保證熱能供應和各種維生素補充。
清潔腸道 特別適用于上消化道出血或便秘患者，方法如前述。
乳果糖或乳梨醇乳果糖（lactulose）是一種合成的雙糖，口服后在小腸不會被分解，到達結腸后可被乳酸桿菌、糞腸球菌等細菌分解為乳酸、乙酸而降低腸道的pH值。腸道酸化后對產尿酸酶的細菌生長不利，但有利于不產尿酸酶的乳酸桿菌的生長，使腸道細菌所產的氨減少；此外，酸性的腸道環境可減少氨的吸收，并促進血液中的氨滲入腸道排出。乳果糖的療效確切，可用于各期肝性腦病及輕微肝性腦病的治療。其劑量為每日30～60g，分3次口服，調整至患者每天排出2～3次軟便。不良反應主要有腹脹、腹痛、惡心、嘔吐等，此外，其口感甜膩，使少數患者不能接受。亦可用乳果糖稀釋至33.3％保留灌腸。乳梨醇（lactitol）是另一種合成的雙糖，經結腸的細菌分解為乙酸、丙酸而酸化腸道。乳梨醇的療效與乳果糖相似，但其甜度低，口感好，不良反應亦較少。其劑量為每日30～40g，分3次口服。
口服抗生素 可抑制腸道產尿素酶的細菌，減少氨的生成。常用的抗生素有新霉素、甲硝唑、利福昔明（rifaximin）等。新霉素的劑量為2～8g/d，分4次口服。口服新霉素很少吸收，但長期使用有可能致耳毒性和腎毒性，不宜超過1個月。每日口服0.8g甲硝唑的療效與新霉素相似，但其胃腸道不良反應較大。利福昔明口服不吸收，效果與新霉素相同，每日劑量為1.2g。
益生菌制劑 口服某些不產尿素酶的有益菌可抑制有害菌的生長，對減少氨的生成可能有一定作用。
促進體內氨的代謝
L-鳥氨酸-L-門冬氨酸（ornithine-aspartate，OA） 是一種鳥氨酸和門冬氨酸的混合制劑，能促進體內的尿素循環（鳥氨酸循環）而降低血氨。每日靜脈注射20g的OA可降低血氨，改善癥狀，不良反應為惡心、嘔吐。
鳥氨酸-α-曠酮戊二酸 其降氨機制與OA相同，但其療效不如OA。
其他 谷氨酸鈉或鉀、精氨酸等藥物理論上具降血氨作用，以往曾在臨床上廣泛應用，但至今尚無證據肯定其療效，且這類藥物對水電解質、酸堿平衡有較大影響，故近年臨床已很少使用。
調節神經遞質
GABA/BZ復合受體拮抗劑 氟馬西尼（flumazenil），可以拮抗內源性苯二氮?所致的神經抑制。對部分Ⅲ～Ⅳ期患者具有促醒作用。靜脈注射氟馬西尼起效快，往往在數分鐘之內，但維持時間很短，通常在4小時之內。其用量為0.5～1mg靜脈注射或1mg/h持續靜脈滴注。
減少或拮抗假神經遞質 支鏈氨基酸（BCAA）制劑是一種以亮氨酸、異亮氨酸、纈氨酸等BCAA為主的復合氨基酸。其機制為競爭性抑制芳香族氨基酸進入大腦，減少假神經遞質的形成，其療效尚有爭議，但對于不能耐受蛋白質的營養不良者，補充BCAA有助于改善其氮平衡。
人工肝
用分子吸附劑再循環系統（molecular absorbent recycling system，MARS）可清除肝性腦病患者血液中部分有毒物質、降低血膽紅素濃度及改善凝血酶原時間，對肝性腦病有暫時的、一定程度的療效，有可能贏取時間為肝移植作準備，尤適用于急性肝功能衰竭患者。生物人工肝的研究近年有一定進展，期望可在體外代替肝的部分生物功能。
肝移植
肝移植是治療各種終末期肝病的一種有效手段，嚴重和頑固性的肝性腦病有肝移植的指征。
重癥監護
重度肝性腦病特別是暴發性肝功能衰竭患者，常并發腦水腫和多器官功能衰竭，此時應置患者于重癥監護病房，予嚴密監護并積極防治各種并發癥。維護有效循環血容量、保證能量供應及避免缺氧。注意糾正嚴重的低血鈉。保持呼吸道通暢，對深昏迷者，應作氣管切開排痰給氧。用冰帽降低顱內溫度，以減少能量消耗，保護腦細胞功能。也可靜脈滴注高滲葡萄糖、甘露醇等脫水藥以防治腦水腫。
