原發性腦干損傷多是由外界暴力直接作用下造成的腦干損傷。常見癥狀有：
1.意識障礙 原發性腦干損傷病人，傷后常立即發生昏迷，輕者對痛刺激可有反應，重者昏迷程度深，一切反射消失。如有昏迷持續時間較長，很少出現中間清醒或中間好轉期，應想到合并顱內血腫或其他原因導致的繼發性腦干損傷。
2.瞳孔和眼運動改變 眼球活動和瞳孔調節功能由動眼、滑車及外展等腦神經管理，它們的神經核均位于腦干，腦干損傷時可有相應變化，臨床上有定位意義。中腦損傷時，初期兩側瞳孔不等大，傷側瞳孔散大，對光反應消失，眼球向下外傾斜;兩側損傷時，兩側瞳孔散大，眼球固定。腦橋損傷時，可出現兩瞳孔極度縮小，光反射消失，兩側眼球內斜，同向偏斜或兩側眼球分離等征象。
3.去皮質強直 是中腦損傷的重要表現之一。因為中腦前庭核水平存在促進伸肌收縮的中樞，而中腦紅核及其周圍網狀結構是抑制伸肌收縮的中樞所在。兩者之間切斷時，便出現去皮質強直。表現為伸肌張力增高，兩上肢過伸并內旋，下肢亦過度伸直，頭部后仰呈角弓反張狀。損傷較輕者可為陣發性，重者則持續發作。
4.錐體束征 是腦干損傷的重要體征之一。包括肢體癱瘓、肌張力增高，腱反射亢進和病理反射出現等。在腦干損傷早期,由于多種因素的影響,錐體束征的出現常不恒定。但基底部損傷時，體征常較恒定。如腦干一側性損傷則表現為交叉性癱瘓，包括肢體癱瘓、肌張力增高、腱反射亢進及病理反射陽性。嚴重損傷處于急性休克期時，全部反射可消失，病情穩定后才可出現。
